省审计厅农业处2009年组织35个县（市、区）审计机关对2007年至2008年千万农民饮用水工程建设项目进行了专项审计调查。重点调查了千万农民饮用水工程项目计划安排、项目资金筹集、管理和使用、项目实施及后续管理等情况。针对审计发现的问题，省水利厅要求全省各地限期整改。为了进一步规范管理，省水利厅与财政厅于2009年月12月联合下发了《关于做好农村饮水安全工程建设的通知》，提出了进一步加强农村饮水安全项目建设管理，规范建设程序等措施。